Debido a la escasez de estudios arqueológicos, los registros de los misioneros y conquistadores son la única fuente posterior al pasado prehispánico, los cuales se limitan a señalar que se trataba de agricultores seminómadas que complementaban su actividad con la caza, la pesca, la recolección y la guerra contra sus vecinos.

Desde 1532 se registran incursiones de españoles y los primeros enfrentamientos no tuvieron lugar antes de 1607. La característica de la población indígena determinaron en gran medida la manera en que se desarrollaron los primeros enfrentamientos entre indios y españoles, puesto que al no poder establecer una institución como la encomienda, el exterminio se perfiló como la alternativa para los blancos, ansiosos de apropiarse de ese territorio feraz.

Durante el período de 1610 los Yaquis aceptan a los misioneros Jesuitas y en este mismo lapso se llevó a cabo la "reducción" de los Yaquis a los ocho pueblos tradicionales con tal éxito que esta organización territorial fue considerada sagrada, y es impensable hasta la fecha, la fundación de otro pueblo cabecera así como la desaparición de uno de los mismos. La evangelización también resultó eficaz ; prueba de ello es la institución del temastián, cargo que se conserva hasta nuestros días. A partir de entonces se introdujeron, junto con la ganadería, cultivos europeos como el trigo y las legumbres con los cambios tecnológicos correspondientes.

En 1741 se produce un levantamiento encabezado por Ignacio Nuri, que terminó con la firma de un tratado en el que se reconocía a los Yaquis el derecho a conservar sus costumbres y gobierno, mismo que no debía ser ejército más que por individuos de su grupo, la posesión total de sus tierras y el derecho a conservar sus armas. Esta relativa calma concluyó con la expulsión de los Jesuitas en 1767, quienes fueron sustituidos por los Franciscanos, que trataron de mantener el control de la liturgia y en cambio, ejercieron menos influencia en el ámbito económico, introduciendo a los Yaquis en una de las problemáticas principales de su historia : La pérdida de su territorio a manos de los colonos.

En 1825 se inician las rebeliones Yaqui que marcan de ahí en adelante la tónica de las relaciones entre los Yaquis y los regímenes que se sucedieron en la República Mexicana hasta una fecha tan tardía como 1936.

Muerto Tetabiate en 1901, le suceden los jefes Luis Bule, Ignacio Mori, Luis Espinoza y Luis Matuz. Este período conocido como las guerras del Yaqui, constituyó para este grupo un proceso de merma demográfica, pérdida de su territorio y desajustes políticos, aprovechados por la oligarquía para continuar con la colonización del valle mediante el deslinde y repartición de tierras.

En el Porfiriato se intensificó la ofensiva genocida y miles de Yaquis fueron deportados a Yucatán y Quintana Roo y vendidos como esclavos. Los que lograban huir se refugiaban en Arizona, Estados Unidos.

Es conocida la participación de los Yaquis en el conflicto revolucionario, su intervención fue definitiva en la lucha constitucionalista cuyo jefe había prometido la restitución de su territorio al final de la guerra. Sin embargo, al no cumplir la promesa Álvaro Obregón se desata otra insurrección que se prolonga hasta fines de 1929, cuando Emilio Portes Gil firma un convenio de paz con el grupo.

La división entre militaristas o colaboradores del ejército constitucionalista y civilistas o broncos, permitió a éstos últimos dar a conocer sus reinvicaciones y también aparecer como obstáculo a la lógica económica, según la cuál las tierras del Valle del Yaqui debían ser explotadas en forma masiva con los métodos modernos.

Mediante los acuerdos establecidos con Lázaro Cárdenas se les ratifica la posesión de 485,235 hectáreas reconocidas como territorio exclusivo. Otro de los acuerdos de 1937 fue la pérdida de dos poblados tradicionales que quedaron en manos de población mestiza, Cócorit y Bácum, restableciéndose los ocho pueblos con la fundación de Loma de Guamuchil y Loma de Bácum. Con la política de Cárdenas se puso fin a los enfrentamientos armados y comenzó una nueva etapa de reintegración cuyos primeros efectos fueron el retorno de miles de Yaquis a su territorio.

Como dato importante es necesario señalar la existencia de dos plebiscitos entre la tribu Yaqui, uno efectuado en 1958 y el segundo en 1966, con el propósito de allanar las diferencias entre los civilistas y los militaristas, ya que unos buscaban la municipalización del territorio y otros en que se mantuviera la misma estructura tradicional de los ocho pueblos.