En el desierto se asentaron, desde hace más de tres milenios, bandas de cazadores y recolectores, probablemente hablantes de dialectos pimanos, que ya conocían también el cultivo de maíz.

Según lo han demostrado estudios arqueológicos, las protoculturas de estas áreas tenían un alto grado de desarrollo de la agricultura (por ejemplo, usaban canales de riego) y eran relativamente sedentarias ; algunos vestigios permiten inferir una cierta sistematización de los complejos simbólicos, que después se transmitió a los grupos descendientes a través de conceptos religiosos y de formas de organización social.

Por su parte, los actuales tohono oótham prefieren pensar que fue iítoi, el "hermano mayor", quien les enseñó los conocimientos que les permitieron sobrevivir y desarrollar su cultura en un medio inclemente y con recursos limitados.

En la cultura de los antiguos habitantes del desierto destacaban : Los desplazamientos estacionales, una organización social simple basada en grupos de parentesco que reconocían la autoridad de cabezas patriarcales y un intercambio comercial - ceremonial entre los miembros de diferentes aldeas.

Los Pápagos, o sus antecesores se desplazaban, según la época, de las aldeas de verano a los campamentos de invierno, sin que el movimiento significara vagabundeo y ausencia de una territorialidad definida.

Los Españoles comenzaron a penetrar en el norte de Sonora hacia fines del Siglo XVIII. Allí hallaron varios grupos que presentaban considerables diferencias entre sí. Aunque los Españoles llamaron genéricamente Pimas o Pimas Altos a varias tribus y bandas que hablaban lenguas parecidas, había una división bastante marcada entre ellas que daba cuenta de su adaptación a la zona ecológica que habitaban.

Respecto al período colonial esta se puede resumir en 5 aspectos fundamentales :

a. Resistencia indígena ; los historiadores registran 2 revueltas antiespañolas (1695 y 1751) y la resistencia enfocada más a enfrentar a los rancheros, mineros y soldados asociada a la dominación española.

b. Invasiones Apaches ; las dislocaciones producidas por las invasiones, hicieron que varios grupos pimanos se refugiaran, mezclándose con quienes allí habitaban, en la desértica parte central de la pimería alta (papaguería).

c. Las Misiones ; al momento de su expulsión de la Nueva España (1767), los Jesuitas manejaban más de 24 misiones y visitas en el territorio Pima.
d. Presidios y minas ; además de las misiones, la presencia española en la Pimería Alta también estuvo representada por mineros y soldados. En 1736 hubo una fiebre de plata que atrajo a muchos mineros y cazadores de fortuna. Después de la insurrección acaudillada por Luis de Sáric, se construyeron los presidios de Tubac y Altar.

e. Cambios en la cultura indígena ; la influencia europea en la cultura nativa fue haciéndose sentir cada vez más por medio de las misiones, los presidios, las relaciones de amistad y compadrazco entre indios y europeos, el bautismo y la evangelización, y el enrolamiento de muchos indígenas en el ejército colonial. En el ámbito económico, la introducción de nuevos cultivos y de ganado contribuyó a modificar las formas tradicionales de subsistencia. Las minas y ranchos ocuparon a gran número de Pimas que se incorporaron a la economía mercantil y monetaria ; comenzó así el proceso de proletarización de los indígenas.

Durante los primeros años de la soberanía mexicana en la Pimería Alta, bastantes colonos inmigraron al territorio. La ocupación ilegal de tierras y fuentes de agua, sobre todo en las zonas aledañas a Caborca, hizo que los Pápagos se levantaran en armas en mayo de 1840.

Como resultado de los Tratados de Guadalupe Hidalgo (1848) y el Tratado de Gadsden (1853) se partió la Pimería Alta en dos, una quedó en Sonora y la otra en Arizona. En el lado mexicano había entonces más de 40 asentamientos cuya población era mayoritaria o completamente Pápago.

Hasta la última década del Siglo XIX, muchos Pápagos de Sonora usufructuaron sus tierras tradicionales y, en un buen número de casas, hubo mezclas debido a los matrimonios entre indígenas y mexicanos. En 1898 hubo enfrentamientos violentos por problemas de abigeato entre Pápagos y rancheros, este suceso obligó al éxodo de indígenas a Arizona, alejándose de la violencia y encontrar mejores oportunidades de trabajo en Norteamérica.

Durante las primeras dos décadas del Siglo XX, los colonos, apoyados por el ejército mexicano, despojaron a los Pápagos arrebatándoles tierras de cultivo en Caborca, Pitiquito y Sonoyta. En 1928 por instrucciones del Presidente Plutarco Elías Calles se decretó el ejido Congregación del Pozo Verde, confirmando así los derechos de los Pápagos de esa localidad sobre 2,823 hectáreas y en la década de los 70 y 80 se dotaron las comunidades de Quitavac, Pozo Prieto, San Francisquito y Las Norias y que en su conjunto no representa ni el 15% del territorio original Pápago.